প্রতিষ্ঠাকালীন বিশেষ কোনো নাম নির্ধারণ করা হয়নি দারুল উলুম দেওবন্দের ৷ লোকমূখে তখন মাদরাসাটি দেওবন্দ আরবী মাদরাসা নামে পরিচিত হয়ে এটিই মাদরাসার নাম হয়ে যায়। ১২৯৬ হিজরিতে তৎকালীন সদরুল মুদাররিসীন (প্রধান শিক্ষক) মাওলানা ইয়াকুব নানুতুবীর প্রস্তাবে মাদরাসার নামকরণ করা হয় ‘‘দারুল উলুম দেওবন্দ’’।